Εκτός από την θαλάσσια χελώνα Caretta caretta και την μεσογειακή φώκια Monachus monachus, τα οποία χαρακτηρίζονται ως απειλούμενα, προς εξαφάνιση είδη, σύμφωνα με το Κόκκινο Βιβλίο της I.U.C.N, η περιοχή φιλοξενεί:
Ορνιθοπανίδα: το νότιο τμήμα της Ζακύνθου και τα νησιά Στροφάδες, αποτελούν σταθμό για πολλά είδη μεταναστευτικών πουλιών όπως, το τρυγόνι (Streptopelia turtus) και ο Μαυροπετρίτης (Falco eleonorae). Υπάρχουν επίσης, θαλασσοπούλια όπως ο Αρτέμης (Calonectris diomedea), ο Μύχος (Puffinus puffinus), Βαρβακίνες (Buteo buteo), Δεντρογέρακες (Falco subbuteo), Τσαλαπετεινοί (Upupa trops), ενώ άλλα μεταναστευτικά πουλιά όπως Αργυροτσικνιάδες (Egretta alba) και Βουβόκυκνοι (Cygnus olor) ξαποσταίνουν στον υγρότοπο της Λίμνης Κερίου κατά τη διάρκεια του ταξιδιού τους.
Ερπετά και αμφίβια: η Λίμνη Κερίου αποτελεί βιότοπο νεροχελωνών (Emys orbicularis, Mauremys caspica), βατράχων (Rana dalmatica, Hyla arborea), φρύνων (Bufo bufo, bufo viridis) και νερόφιδων (Natrix natrix, Natrix tesselata). Οι αμμοθίνες και οι παράκτιες εκτάσεις της περιοχής, είναι σημαντικός βιότοπος φιδιών και σαυρών. Παρατηρούνται είδη φιδιών όπως: δεντρογαλιά (Coluber gemonensis), κοιλοπέλτης (Malpolon monspessulanus), σαΐτα (Coluber najadum), καθώς και είδη σαυρών όπως: κολισαύρα (Lacerta trilineata), γουστέρα του Ταύρου (Podarcis tauricus) κ.α Στα νησιά Στροφάδες συναντώνται το σαμιαμίδι (Hemidactylus tursicus), το αγιόφιδο (Telescopus fallax), κ.α
Θηλαστικά: στην ευρύτερη χερσαία περιοχή υπάρχουν σκαντζόχοιροι (Erinaceus europaeus), λαγοί (Lepus europaeus), κουνάβια (Martes foina), νυφίτσες (Mustela nivalis), κ.α